환경 변수는 레지스트리에 설정하면 되죠. HKLM 단위로 또는 HKCU 단위로 할 수 있습니다. 그런데, 레지스트리만 변경해서는 이후에 뜨는 "명령어 창"에서 반영이 되지 않습니다.

즉... "Propagate" 단계를 거쳐주어야 하는데요.
아래의 토픽에서 그 방법을 설명해 주고 있습니다.

How To Propagate Environment Variables to the System:
; (broken) http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;en-us;104011

"Environment" 말고도 내부적으로 더 쓰는 설정값들이 있겠지요.

또한, 자신의 Application에서 이 메시지에 부합하는 용도가 있다면, 자신만의 특별한 LPARAM 값을 만드는 것도 방법일 수 있겠습니다.

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