우선, 게시자 확인 부분은.
manifest 부분에 대해서 서명을 하는 것인데. 이에 대해서는 테스트 인증서는 말 그대로 테스트 인증서로만 사용할 수 있을 뿐 실제 배포 시에는 불편할 수밖에 없습니다.

코드 사인이 가능한 인증서를 verisign 등을 통해서 받아야 합니다.
인증서 관련한 부분은 별도로 운영하실 경우, CA 인증서 서비스를 설치하셔서 해결할 수는 있는데, 이런 경우에는 해당 CA 루트 인증서에 대해 사용자들에게 한번 더 설치해 줘야 합니다.

그 다음은... ^^
질문이 잘 이해가 안됩니다. 그러니까, 4개의 프로그램에 대한 "setup" 파일을 만든다고 하셨는데... 왜 setup 파일을 만드나요? clickonce는 셋업 파일이 필요 없는 구조인데요. ClickOnce를 통해 설치, 배포한다는 것이 setup.exe인가요? 아니면 각각의 프로그램들인가요?

일단, 각 모듈별 프로그램을 실행시키는 것은 단순합니다.
WinExec("http://clickonce가 배포된 주소/응용 프로그램명.application");
위와 같이 하시면, 실제로 프로그램은 실행되어질 수 있습니다.

혹시 설명이 부족했다면, 좀 더 질문을 해주십시오. ^^

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